藍(lán)景科信DAP-SEQ（DNA親和純化測(cè)序）技術(shù)服務(wù)常見(jiàn)問(wèn)題

DAP-SEQ技術(shù)簡(jiǎn)介
DAP-SEQ是基于DNA親和純化，通過(guò)體外表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子鑒定TFBS的技術(shù)，具有不受抗體和物種限制，且高通量的優(yōu)勢(shì)，自該技術(shù)問(wèn)世以來(lái)，已被廣泛應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀組學(xué)的研究。

那么關(guān)于DAP-SEQ都有哪些問(wèn)題需要關(guān)注呢？

1. DAP-seq原理、技術(shù)流程，能解決什么樣的問(wèn)題?
原理：體外表達(dá)的蛋白和DNA進(jìn)行親和純化，將與蛋白結(jié)合的DNA洗脫后進(jìn)行高通量測(cè)序。
技術(shù)流程：將編碼轉(zhuǎn)錄因子的CDS序列構(gòu)建到含有親和標(biāo)簽的載體中，構(gòu)建蛋白表達(dá)載體，進(jìn)行體外蛋白表達(dá)，形成轉(zhuǎn)錄因子和親和標(biāo)簽的融合蛋白；提取樣品的基因組DNA，構(gòu)建DNA文庫(kù)，然后將體外表達(dá)的帶有親和標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄因子和DNA文庫(kù)進(jìn)行結(jié)合，隨后把結(jié)合的DNA洗脫后上機(jī)測(cè)序。
能幫助您快速找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，尋找轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的靶基因。

服務(wù)流程：

2. 需要提供什么材料？
需要您提供：
（1）組織材料或者是提取好的基因組DNA；
（2）含有轉(zhuǎn)錄因子CDS序列的質(zhì)粒。

3. 分析結(jié)果包括哪些內(nèi)容？
藍(lán)景科信DAP-seq的生信分析包括以下內(nèi)容：
1.對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭、污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理
2.數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計(jì)
3.參考序列比對(duì)分析
4.測(cè)序reads富集區(qū)域掃描（peak calling）
5.Peak長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)
6.Peak在基因功能元件上的分布統(tǒng)計(jì)
7.Peak序列模式發(fā)掘（motif search）
8.已知motif注釋
9.Peak相關(guān)基因鑒定
10.Peak相關(guān)基因的GO和KEGG富集分析
11.測(cè)序數(shù)據(jù)的差異分析（>=2個(gè)樣本）
12.測(cè)序數(shù)據(jù)的可視化分析

4.實(shí)驗(yàn)的成功率怎么樣？
不同轉(zhuǎn)錄因子家族的成功率不同，請(qǐng)參考不同轉(zhuǎn)錄因子家族的DAP-seq成功率：

5. 為什么有些基因家族的成功率很低？
有些轉(zhuǎn)錄因子需要和其他蛋白形成復(fù)合體才能與DNA結(jié)合，這些蛋白的風(fēng)險(xiǎn)比較高。

6. 一些特殊的樣品能不能做，有沒(méi)有風(fēng)險(xiǎn)？
有兩種情況的樣品是不能做DAP-seq 實(shí)驗(yàn)的，一種情況是沒(méi)有參考基因組，另一種情況是轉(zhuǎn)錄因子不能在體外表達(dá)出來(lái)，除此之外，我們會(huì)做可行性分析報(bào)告供您參考。

7. 包含重復(fù)嗎？
包含兩個(gè)技術(shù)重復(fù)。

8. 做這個(gè)蛋白表達(dá)的時(shí)候，使用的什么表達(dá)系統(tǒng)？
優(yōu)先使用真核表達(dá)系統(tǒng)進(jìn)行蛋白表達(dá)，如果真核表達(dá)系統(tǒng)不能表達(dá)成功的話可以溝通換用原核表達(dá)系統(tǒng)。

9. 植物組織樣本取樣的時(shí)期部位有什么要求？
植物組織樣本取樣的時(shí)期和部位是您根據(jù)自己的研究需求確定，不同組織和時(shí)期DNA的修飾不同，可能會(huì)影響蛋白和DNA的結(jié)合。

10. DAP-seq跟ChIP-seq有何區(qū)別,DAP-seq的優(yōu)勢(shì)表現(xiàn)在哪里?
DAP-seq和ChIP-seq的區(qū)別：

DAP-seq的優(yōu)勢(shì)：不需要針對(duì)每個(gè)轉(zhuǎn)錄因子制備特異性抗體，快速、高通量、節(jié)約時(shí)間成本。

11. DAP-seq用的input是什么，為什么選這個(gè)作為對(duì)照呢？
Input對(duì)照是用的親和純化前的文庫(kù)，目的是降低背景噪音，我們用的Input和2016年發(fā)表在Cell（DAP Seq-Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape）上的論文是一致的。

12. 為什么實(shí)驗(yàn)中表達(dá)的有些蛋白比理論值偏大？
很多蛋白表達(dá)出來(lái)比理論值大一些，因?yàn)橛幸恍┓g后修飾，很多情況都是這樣的，原核表達(dá)也有這類(lèi)情況，比如擬南芥SnRK蛋白激酶，預(yù)測(cè)40 kd，通過(guò)原核表達(dá)，實(shí)際分子量是60 kd。