ChIP-seq（染色質(zhì)免疫共沉淀測序）

技術(shù)簡介

染色質(zhì)免疫沉淀測序（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing，ChIP-seq）是一種將染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）與二代測序技術(shù)（NGS）相結(jié)合，用于研究蛋白質(zhì)與DNA的相互作用的技術(shù)。

技術(shù)原理

將染色質(zhì)免疫共沉淀和高通量測序相結(jié)合，通過目的蛋白的特異性抗體，將目的蛋白-DNA復(fù)合物沉淀下來，從而獲取該目的蛋白結(jié)合的DNA。再通過DNA高通量測序，獲得該蛋白在染色體上的分布情況。利用該技術(shù)不僅可以檢測轉(zhuǎn)錄因子在全基因組上的結(jié)合位點(diǎn)，還可以研究各種組蛋白修飾在全基因組上的分布情況。

應(yīng)用領(lǐng)域

1.癌癥研究：

鑒定腫瘤特異性表觀遺傳標(biāo)記（如SETD2突變導(dǎo)致的H3K36me3缺失），發(fā)現(xiàn)潛在治療靶點(diǎn)。

解析癌基因與抑癌基因的調(diào)控機(jī)制，為個(gè)性化治療提供依據(jù)。

2.發(fā)育生物學(xué)：

追蹤胚胎發(fā)育過程中組蛋白修飾的動態(tài)變化，揭示細(xì)胞命運(yùn)決定的表觀遺傳機(jī)制。

研究干細(xì)胞分化過程中關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子（如Oct4、Sox2）的結(jié)合模式。

3.神經(jīng)科學(xué)：

探索神經(jīng)元活動依賴的表觀遺傳調(diào)控，如學(xué)習(xí)記憶相關(guān)基因的染色質(zhì)重塑。

4.農(nóng)業(yè)與微生物學(xué)：

解析作物經(jīng)濟(jì)器官（如種子、果實(shí)）的表觀遺傳圖譜，助力抗逆育種。

研究微生物中DNA-蛋白質(zhì)互作，揭示抗生素耐藥性機(jī)制。

技術(shù)流程

分析流程

部分結(jié)果示例